En diciembre de 2006, la estructura de la Comisión cambió, algunos de sus integrantes originales, cumplieron con el tiempo establecido en el Reglamento, para desempeñar sus cargos. Después de casi cuatro años, el Presidente de la Comisión del Jugador, Sr. Mario Hernández Lash, propuso cambiar la imagen de la misma Comisión. De tal forma que contrató los servicios de una empresa de mercadotecnia, con el fin de rediseñar el logotipo y crear la página web de la Comisión del Jugador. De tal forma que para el año de 2007 el logotipo cambió, utilizando los colores institucionales.
El logotipo de la Comisión del Jugador ha sido plasmado en el Manual de Sustancias Prohibidas en el Deporte y fue presentado en la Feria de Fútbol Expo Show. Este logotipo cuenta con el debido registro ante el Instituto de la Propiedad Industrial con los números 1015972 y 1015973.
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